1)劳务的增值税抵扣问题
　　我国现行增值税的征税范围仍然偏窄,目前只是对在我国境内销售货物、提供应税劳务和进口货物征税,劳务服务行业仍实行传统的营业税。这一分工最突出的矛盾是混淆经营和兼营的税收界定问题,使税收征管复杂化,直接导致了增值税销售货物与营业税应税劳务抵扣链条的中断,影响了增值税作用的发挥,不利于公平竞争。商品和劳务在交易中是密切相关和相互包容的,因此在增值税的设计中,理想的做法是商品和劳务采取同样的税收待遇,但由于扩大增值税征税范围会相应的缩小营业税的使用范围,而营业税是地方政府的重要税种之一,因此扩大增值税征税范围的改革要考虑对地方财政的影响,中央需要对地方财政利益进行调整,而且有一定的难度。针对这种局面,扩大增值税范围的改革应按照平稳过渡,分步实施的原则逐步开展可以根据增值税的属性和经济发展的内在关系,应是首先将与经济发展关系密切的建筑安装、交通运输、仓储租赁、邮电通讯纳入增值税征税范围,在条件成熟时再将销售不动产、部分服务业和娱乐业纳入增值税征收范围,仅将比较难于管理的金融保险业和部分服务业暂时保留征收营业税。
　　2)无形资产的抵扣问题
　　无形资产对于高新技术企业来说意义重大。如果不予抵扣,不仅重复征税问题不能完全消除,而且一定程度上阻碍着高新技术产业的发展。如果准予抵扣,如何抵扣?如果将无形资产改征增值税,将直接影响地方财政收入。同时,无形资产的计价也很复杂如果按现行的会计制度,外购的无形资产以买价计入成本,自制无形资产以自制成本计价,自制成本高于外购成本,这就削弱了企业自主创新的动力。对此,应考虑将转让无形资产纳入增值税征税范围,以保证增值税抵扣链条的完整性,促进高新技术企业的发展。对外购无形资产,可按增值税专用发票上的税额进行抵扣;对于自制、自用的无形资产则根据开发费用的多少,一次或分次抵扣。这既能鼓励企业创新,又可以简化税收征管。 (2)规范税款抵扣和税收减免以堵塞税收漏洞
　　目前增值税在税款抵扣方面存在诸多问题:一是税款抵扣时间不合理。工业企业购进货物入库后抵扣,商业企业购进货物付款后抵扣,一般纳税人购进应税劳务在费用支付后抵扣。这在理论上不合理,在实践中征税机关难以操作;二是抵扣凭证不规范。除法定扣税凭证外,购进免税农产品按买价的13%抵扣,扣税率较低,制约了农业企业和农产品加工业的发展。废旧物资收购按13%、运费发票按7%抵扣,极易导致虚开专用发票、虚扣税款等偷税问题的发生;三是扣税不彻底,固定资产税款不能抵扣,增大了出口产品成本,削弱了出口产品国际竞争力,限制了对外贸易的发展。为了进一步缩小增值税减免税优惠范围,以维持增值税扣税链条的完整性。对于确实需要减免的产品和项目,可由“直接免税”改为 “先征后返还”,另外,对一些过渡性的优惠措施,要认清真理,该取消的要坚决取消尤其是民政福利企业,在企业组织形式上变化很大,应尽快取消对民政福利企业“先征后退”的优惠政策,恢复征税。增值税改革必须在这些问题上进行科学合理的设计,最大可能地规范税款抵扣,取消各环节的减免税,用足WTO规则允许出口退税的条款,对出口产品产销全过程已征的增值税,实施全部彻底的退税,加强专用发票的管理,堵塞税收漏洞。
　　(3)合理设计并实施统一税率
　　目前国际上征收增值税的国家,增值税税率大体在8%-20%之间。如果将我国目前生产型增值税17%的基本税率换算为国外可比口径的消费型增值税税率,实际税率大约在23%左右,高于西方发达国家水平。同时,现行的增值税还存在着13%的低税率和工业企业小规模纳税人适用6%、商业企业小规模纳税人适用4%征收率的税率不统一的情况。这不仅限制了企业之间的公平竞争,也给税收征管带来了不便,不符合公平税负和简化税制原则。对此,我们可以参照国际通用做法,将增值税实际税率控制在20%以内,且统一税率,对需要鼓励和照顾的特殊情况,可以按照税法规定予以适当减免。
　　(4)取消对纳税人的不合理划分以简化税收征管
　　现行增值税划分一般纳税人和小规模纳税人,由于各地区经济发展情况不同,许多纳税人无法达到一般纳税人的规定标准。小规模纳税人不得使用增值税专用发票,购进货物或应税劳务及进口货物的进项税额不能抵扣,交易对方确需开具专用发票的由税务所代开。如此规定显然不合理,这意味着小规模纳税人不是真正意义上的增值税纳税人,限制了其与一般纳税人的商业往来,并且小规模纳税人的税收负担重于一般纳税人。要保持增值税抵扣链条的完整与协调,必须统一纳税人。改消费型增值税后,应不再区分一般纳税人和小规模纳税人,简化纳税人认定,可以考虑增加一条行业标准,根据该行业在社会再生产中所处的环节,区别对待,公平税负,实现纳税人凭增值税专用发票抵扣税款的规范化征管办法,促进不同地区、不同行业、不同规模的纳税人生产经营正常健康发展。
　　(5)完善专用发票管理制度
　　在增值税专用发票的发售环节,只向符合发售条件的增值税一般纳税人发售专用发票,对于不符合条件的一般纳税人、小规模纳税人和非增值税纳税人不得向其发售专用发票,此外,检查使用过的发票是否有违反增值税专用发票规定用票的问题。在增值税纳税申报税环节,应该切实做好增值税专用发票的日常稽核工作,防止用票单位人为地延缓纳税义务发生时间。同时,对于增值税专用发票的计税功能和抵扣功能要有机地连接起来,进一步完善专用发票的抵扣制度,严格限制增值税专用发票的抵扣时间。对于虚开、伪造增值税专用发票抵扣税款的违法犯罪行为要加大打击的力度,依靠严厉的惩处手段来维护增值税法的尊严。
　　(6)加强税收信息化建设,强化税收征收管理
　　增值税的扣税机制虽然提供了购销双方交叉审计互相监督机制,但其自身也极易诱发虚报抵扣税额,伪造倒卖增值税专用发票等犯罪行为。增值税征管最大的难度是增值税专用发票的管理。增值税的改革必须辅之以先进、科学的征管理念和技术手段。加强税收信息化建设,利用现代信息技术,构筑“