第二，全面经济伙伴关系下的经济合作不断密切。2005年4月日本首相小泉访问印度，两国元首决定于6月成立“印日联合研究组”，在一年之内，提交研究报告，提出全面拓展货物贸易、服务贸易、投资及其他经济合作领域的措施。2006年7月17日，“印日联合研究组”提交了研究报告，报告建议两国启动“经济伙伴协议”（EPA）或“全面经济伙伴协议”（CEPA）谈判。当年12月15日，印度总理曼莫汉·辛格访问日本，印日宣布成立联合小组推动两国的EPA/CEPA，标志着两国正式启动建立自由贸易区的谈判工作。2010年10月25日，印度总理曼莫汉·辛格访问日本，双方就EPA/CEPA协议达成共识，2011年2月16日，印度与日本正式签署自贸协定，双方承诺在未来10年内陆续免除94%的产品进口关税。根据协定，日本对印出口的汽车零部件、钢铁制品和机械等将实现零关税，但大米、小麦、牛肉和猪肉等部分农畜产品不在关税削减或免除范围内。印度承诺向来自日本的企业给予国民待遇。这意味着在印投资的日企将可享受印度本土企业的一切优惠政策，有助于刺激日本对印投资。实际上，在全面经济伙伴关系下，印日双方的经济合作有几个值得关注的地方。比如日本通过官方援助参与印度基础设施建设的力度非常大。自2003年以来，印度就是接受日本官方发展援助最多的国家，迄今为止，日本向印度提供的官方发展援助已经超过350亿美元。在2013年的印日首脑峰会上，安倍承诺继续援助印度，以帮助印度在社会和经济领域的发展。另外印度和日本已经开启稀土合作，双方已于2012年签署稀土合作协议。
第三，科学技术合作有所发展。科技合作被印日视为两国全球战略伙伴关系的重要组成部分。在科学技术创新合作领域，双方正在努力发起联合研究与开发项目，尤其在纳米技术、生命科学、信息和通讯技术等领域。同时两国也在深海勘探领域开展合作。此外，双方在高新技术领域的合作也不断在推进，比如在高铁、核能等领域的合作也正在深入发展。
第四，双边海洋安全合作日益深入发展。其一，印度将日本视为印度太平洋地区的天然伙伴。2007年8月安倍对印度进行访问，提出了“两洋交汇”的概念，即太平洋和印度洋。2013年5月辛格访问日本，高度评价了安倍提出的海洋安全概念，认为正是安倍确定了印日双边关系的新框架。辛格在演讲中强调印度太平洋地区正在见证深刻的社会和经济变化，因为其规模及罕见的发展速度。过去半个世纪以来。印度太平洋地区在自由、机会及繁荣等领域已经历了史无前例的崛起。辛格还指出，印度太平洋地区面临诸多挑战，包括诸多未能解决和有待解决的问题。比如历史遗留问题、发展不平衡、稳定与安全问题。因此，正是在这样的背景下，印日有了为亚洲描绘新蓝图的机会。印度和日本是印度太平洋地区的主要角色，有责任培育和平、稳定、合作的环境，奠定持久的安全和繁荣的基础。印度与日本的关系的重要性，不仅仅体现在双方的经济发展上，而且体现在印度将日本视为太平洋和印度洋地区“天然和不可或缺的伙伴”上。
其二，强调印日共同应对海洋安全。从中东地区到太平洋的海上航道对日本安全来说具有重要的作用和意义，正是在这个意义上，日本重视与印度的合作。在这里，日本非常重要的一个地缘政治手段——官方发展援助无疑说明了问题。自2003年以来，印度就是接受日本对外官方发展援助最多的国家，日本在官方发展援助文件中毫不掩饰地说明了其目的，即向印度提供官方发展援助主要是为了维护日本海洋走廊的安全。正是在这个意义上，日本一直非常重视与印度在海洋安全问题上的合作。在这点上，印度无疑注意到了日本的需要，同时也是为了扩大在西太平洋地区的影响，印度积极主张与日本在海洋安全方面开展合作。2013年辛格访问日本时提出了加强在海洋安全领域合作的建议：“鉴于印度太平洋连接地区对地区与全球繁荣非常关键，我们应当维护自由航行原则，根据国际法保证航道畅通，和平解决海洋安全问题，并且一道努力开发海洋潜力，共同应对海洋安全挑战，比如海盗。”从印度的海洋发展战略来看，有借助东亚国家尤其是日本排除中国在印度洋上的影响力的企图。事实上，有鉴于印度洋及东亚地区是决定亚洲大国平衡的关键地区，有人指出，如果印度不与上述地区关键的岛国建立战略伙伴关系的话，印度将在孟加拉湾和阿拉伯海面临来自中国海军的压力。因此，印度谋求与包括日本在内的印度洋和太平洋岛国建立防务合作关系、进行联合军事演习、开展能源合作、举行战略对话就显得一点也不奇怪了。
其三，海军联合演习向常态化和机制化发展。近年来，印日双方在扩大军事影响方面达成了默契，即日本帮助印度扩大在西太平洋地区的军事影响，印度则鼓励日本拓展在印度洋的军事影响力。2013年5月28日，印度总理辛格在访日演讲中表示，印日将加强在亚洲和太平洋、印度洋上的合作，确保海洋安全。事实上，近年来，印度扩大在西太平洋地区军事影响的趋势越来越明显，比如2009年美印日在日本冲绳以东海域举行了代号为“马拉巴尔09”的大规模海上联合演习。2012年6月，两国在日本神奈川县附近的相模湾举行首次海上联合军事演习。这次联合军演有着特别的意义，因为以前日印联合军演多在多边架构中进行，而这一次双方之间独立的联合军演还是首次。2013年5月26日，印度外交部常务秘书马塔伊说，“我们将使印度和日本双方的常规海军演练制度化”。2013年12月19日，印日实现在印度洋上的首次联合军事演习，也是两国第二次联合军演，引起外界的高度关注，被印度媒体誉为“新的战略轴心形成信号”。但真正要注意的是，印日海军联合演习呈现出常态化和机制化的发展趋势。
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