2.体制机制不健全，制度不完善
第一，缺乏合理制度。不仅制度上存在缺陷，也没有严格执法，必须尽快加快体制改革；第二，地方财力不足，导致很多被审计单位改变项目，挪用资金，也没有处理到位，影响了审计整改的顺利进行。
3.监督力度弱
第一，当前缺少能够联合各职能部门的机制，对于审计报告中的体制机制性问题，需要国家出台政策规定，并通过各职能部门共同参与完成，被审计单位不能单独进行整改；第二，国家审计机关只是在查处的经济案件上，与司法机关进行协作配合，对于审计查出的问题，与其他部门缺少相互协作配合的机制，无法发挥监督作用，不能更好地促进审计整改落实。
三、加强审计整改工作的对策
1.提高认识，加强领导
审计监督是我国《审计法》中的重要内容，只有加强审计整改工作，才能最大限度体现审计监督的职能，保持正常的财政经济秩序，实现国民经济的健康发展，维护社会的和谐与稳定。对此，国家审计机关必须引起重视，大力开展审计整改工作，加强领导，实行有效措施，依法审计，加大督促检查力度，确保有效解决审计中发现的问题。
2.完善审计整改情况报告制度
要督促被审计单位根据《审计法》中的相关规定，将国家审计机关依法作出的审计决定落到实处，合理采纳审计意见，及时为国家审计机关汇报审计决定执行情况。相关部门要及时为人民政府汇报整改状况，同时也反馈给国家审计机关。国家审计机关将各部门整改情况汇总以后，为本级人大常委会作出包括本级预算执行、其他财政收支审计问题的整改情况。
3.严格落实督促检查机制
国家审计机关在审计工作中，对于审计发现的问题，要督促被审计单位尽快整改。国家审计机关在作出审计报告和审计决定后，要检查被审计单位是否在规定时间内严格执行审计决定，或者是采纳审计建议。要重点督促检查审计中发生的重大问题，针对屡查屡犯、屡禁不止的部门，在督促后还未解决的，应深入分析其原由，加强监督，通过审计要情和审计重要情况反映等形式向向党委、政府和人大专题报告，从而让相关机关能够尽快开展专题督查处理。通过实行监督检查机制，有利于更好开展审计整改工作。
4.实行行政问责制度，真正为干部选拨任用作参考
被审计单位的主要负责人要在思想上引起重视，要将审计发现问题的整改情况纳入到年度目标任务考核中。对于整改不到位，甚至是拒绝整改、弄虚作假的单位，要给予一定的处罚。若是因为整改不到位而导致出现重大损失的，要根据相关规定，由纪检监察、组织人事和上级主管部门对相关责任人进行问责。这样一来，才能在思想上引起他们的重视，主动配合国家审计机关开展工作。另外，还要根据审计报告反映的被审计领导干部应付的领导责任、主管责任和直接责任，分别给予相应问责处理，在今后的干部选拨任用中作出相应的决策，区别情况使用。
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