1.缺乏内控管理专业人才
要想做好内控工作，会计从业资格是会计人员的最低门槛，会计专业技术资格是专业水平的集中体现。现任岗位工作中，有6%的会计人员没有会计从业资格证书，有4家单位甚至没有一名会计人员持证上岗。初中级会计人员在整体人员中只占12%，其他88%的人员没有专业技术资格，甚至许多单位的主管会计不具备初级职称，办公室主任、财务科长等中层管理人员中也有很多没有专业职称。平谷区目前在岗财务人员无1人取得高级会计师职称。
2.内控责任人和责任部门落实不到位
有少部分被调查单位内控建设和评估一把手责任没有得到落实。有43%的被调查单位没有设置明确的内控部门或牵头部门。有45%被调查单位未设置独立的内部审计、纪检监察部门，制定内部监督管理制度，发挥内部监督和自我评价职能。
3.职责分工和内部牵制落实不到位
不兼容职责和不兼容岗位分离是内部控制的最基本要求，也是防止单位发生资金和资产损失，减少舞弊，预防腐败和渎职的基本措施。但仍有34%的被调查单位没有实现严格的不相容岗位分离。其中，24家被调查单位只实现了部分分离，还有7家单位认为没有实现不相容岗位的分离，表明这些单位的内部控制环境是相当薄弱的。
4.风险评估和信息安全防范落实不到位
风险评估是内控制度完善的基础。调查显示，有近四成的单位近三年没有对主要业务活动进行逐一的风险评估，这表明这些单位要么没有进行完善的内控建设，要么建设的内控缺乏针对性。另有12家被调查单位信息系统安全保密和泄密责任追究制度缺乏，在网络化和信息化的今天，这将给所在单位留下很大的风险隐患。
5.内控核心业务归口管理不到位
行政事业单位内控核心业务为预算、收支、政府采购、资产、建设项目和合同六大类。对这些业务进行归口管理是实现良好控制的基础。然而，在被调查单位合同实现归口管理程度较低，只有62家，表明约有30%左右的被调查单位没有对合同进行归口管理；归口管理最差的是建设项目，只有46家被调查单位实现了归口管理，这表明近半数的单位没有实现对建设项目的归口管理。
即使归口管理做得最好的预算业务，仍有30%的单位没有将预算执行的结果和效率纳入各部门和个人的考核和奖惩范围，这必将导致预算难以严格执行，流于形式。
6.内部控制建设和评价工作推进缓慢
尽管平谷区在内控落实进度上位于全市前列，但也只有26%的被调查单位制定完成了内部控制手册，开始监督落实工作；有45%的单位还处在内控手册的拟定或修改阶段；另有29%的被调查单位尚在制订内控手册的前期阶段，包括流程梳理和风险查找等工作，甚至有少量单位处在最初的组织建设和动员培训阶段。
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