二、事业单位会计制度的改进和特征
1.体系上独立
事业单位会计制度与行政单位的会计制度在很大程度上实现了分离，并自成体系。在市场经济的发展进程中，原本的事业单位会计制度与行政单位会计制度合并而成的会计制度显然不能再适应时代的发展要求，事业单位的会计实务已经逐渐向企业会计制度相趋同，但行政单位的会计制度却依然只停留在财政拨款的表面，从本质上而言，其执行的仍旧是原来的预算会计制度。新的事业单位的会计制度已经逐步和企业会计制度保持一致。
2.新的事业单位会计制度变更了会计记账方法
新的事业单位的会计结账方法已经从原来的收付现实制转变到了现在的权责发生制，权责发生制的记账方法，可以经由设置账户科目、规定记账规则和平衡试算来适应实际经济发展状况下的会计核算要求，是一种能够跟上时代脚步的方法，对推动市场经济的发展有很大作用。
3.统一会计科目
在最新颁布的事业单位会计制度中，已经完全摒弃了原来的全额、差额和自收自支这三套会计科目，重新编制除了一套全新而又高效的事业单位通用会计科目的《事业单位会计制度》，新制度中对会计科目进行了统一结算，显著提高了单位会计数据的可比性。
三、事业单位财务会计制度下财务审计重点
1.关注期初余额
在执行了新的事业单位会计制度后，有关政策已经对事业单位要调整和整顿原事业单位会计制度下的科目余额进行了明确规定，在调整科目余额之后还需进行试算平衡，要把调整后的期初余额当成新会计制度实施中所有会计科目的期初余额来进行处理。财务人员在审计工程中，对期初余额的审计要密切关注。例如其填列方式等。因此，审计人员在调整期初科目余额时一定要通过全程检查和动态分析，在对事业单位实际状况有了一定了解之后，利用控制测试与实质性程序对事业单位某些会计科目中可能存在的舞弊现象进行认真分析，并编制出科学的审计程序来应对，从根本上规避舞弊和错误的发生。
2. 关注固定资产折旧和无形资产摊销的核算