近年来，我国固定资产的快速增长使建设项目审计得到迅速发展，与飞速前进的社会发展相比，建设项目审计还呈现出一些不足：一是审计方式多是事后审计，不能从源头上把关，致使许多建设项目由于决策不科学而效益低下甚至造成损失浪费，而审计对已造成的损失于事无补；二是审计内容仍以查错防弊为主，投资效益审计还没有全面开展；三受传统审计理论、审计方法的影响审计力度不强，致使建设项目质量难以通过审计监督加以保证。
　　随着我国社会主义市场经济体制的建立和不断完善，基本建设投资体制、预算管理体制和建设管理体制的改革进一步深化，建设项目审计也亟需不断加以改进和提高。
　　一、事后审计向全过程跟踪审计发展
　　建设项目具有周期长、投资额大、技术复杂、控制环节多、项目管理专业性强、项目实施难度大等特点。建设过程中的决策、规划、设计、采购、招标、施工 、监理等任何一个环节失误，都可能造成重大损失，影响项目效益的发挥。如何采取措施，有效遏制建设过程中的巨大损失浪费，是建设项目审计急需解决的问题之一。针对这一问题，近年来，一些地方审计机关进行了许多有益的探索，实施了全过程跟踪审计，为国家节约了大量投资，取得了明显的成效，同时也积累了一些有益的经验。
　　所谓“全过程跟踪审计”，是指对建设项目的立项、设计、实施、竣工验收等阶段进行全过程的审计监督。从目+前情况看，主要是以建设项目的施工图预算、工程预算、竣工决算及项目竣工后的国有资产移交等为主要环节，并对项目设计优化、筹资方式、造价形成的过程控制、工程质量、环保功能和投资绩效评价等进行审计监督，最后把住决算审计关，从而提高了审计监督效果。在此基础上，实施全过程跟踪审计，还应重视建设项目的开工前审计，向前期投资决策延伸，向设计方案延伸，为此，应调整审计人员结构，不断充实审计力量，增加审计机关工程技术人员的数量与比重，保证建设项目有效开展。
　　二、财政财务收支审计向效益审计发展
　　建设项目效益审计是指对建设项目的经济性、效率性和效果性进行的审计。所谓“经济性”，是指在充分考虑工程质量的前提下尽量减少投资成本； 所谓“效率性”，是项目建设与其所用的资源（如土地、建筑材料、机械、人工等）之间的关系。一定的投入所能得到的产出最大，或一定的产出所需的人最少，即支出合理；所谓“效果性”，是指项目的预期结果与实际结果之间的关系，也就是说，项目在多大程度上达到政策目标、经营目标以及其它预期效果，即支出得当。
　　目前，我国建设项目审计主要是以工程管理、财务收支为主体的真实性、合法性审计。由于我国尚处于经济改革和转轨的时期，按发展中国家所经历的一般规律，这个时期，建筑市场管理、经济秩序都比较混乱，违法违纪和腐败现象都比较容易滋生。在一个较长时期内建设项目审计以查错防弊为主要任务，是从实际出发的必然选择。经过多年的努力，建设领域中的违纪违规问题有所减少，但是，基本建设领域盲目攀比、重复建设，超规模、超标准搞各种“政绩工程”、“形象工程”现象大量存在，项目损失浪费严重，投资效益低下。在这冲情况下，应适时将建设项目审计从以真实性和合法性审计为重点转向以合理性、效益性为重点的绩效审计。投资领域开展绩效审计有益于实现投资审计的最终目标，即节约政府投资，减少损失浪费，促进提高投资效益。在国外发达国家，公共工程审计的最主要内容就是绩效审计，即围绕评价公共投资的“经济性、效率性、效果性”开展工作。如美国国家会计总署，财务审计的工作比重只占总工作量的10-14%，而绩效审计占85%以上，且效益审计项目出现不断增加的趋势。借鉴国外先进审计经验，结合我国国情，从项目审计着手，以真实性、合法性审计为基础，探索投资领域开展绩效审计的新路子和新方法，是今后我国建设项目审计发展的主要方向。
　　三、完善审计标准体系，进一步提高建设项目审计的规范化水平和审计质量
　　实现建设项目审计的规范化是提高审计质量、防范审计风险的重要途径。我国的国家审计机关一直非常重视审计的规范化建设，建立了一套比较完备的审计准则体系，与此同时，一些地方也相继出台了一批旨在加强国家建设项目审计监督的地方性法规和规章。这些规范性文件的颁布执行，有力地促进了国家建设项目审计的规范化，提高了审计质量。
　　当前，还应对项目管理质量、施工质量、材料质量加强审计。项目管理质量重点审查“五制”（资本金、项目法人、招投标、合同、监理制度）的执行与落实、管理责任的明确和追究；施工质量重点审查现场控制、设计变更与签证制度，确保预算、概算、结算、决算的一致；材料质量重点审查材料的采购、定价与品质以及材料的使用与项目建设进度是否匹配。
　　四、积极探索建设项目审计的有效途径
　　近几年，国家财政性投资规模逐年加大，国家审计机关的繁重任务与审计力量相对不足的矛盾突出，为此，一些审计机关或聘请专业技术人员参加投资项目的审计或运用公开招标的办法组织社会中介机构对投资项目进行审计，这些办法对于扩大投资项目的审计覆盖面起到了一定的作用，但就目前的情况看，社会中介机构如何参与审计还缺乏相应的法规依据，以及审计机关如何更有效地进行监管，如何规范审计行为，理顺审计关系，防范审计风险，提升审计质量和水平，需要在实践中进一步探索和完善。