20世纪90年代后，国民经济持续快速发展，但铁路建设滞后，于是中央提出“统筹规划、条块结合、分层负责、联合建设”，各地兴起了由地方政府出资与铁道部合修铁路。国家还先后批准部分省市在本省国家铁路货物运价中再加收铁路建设附加费，用于本省合资铁路和地方铁路的建设。至2004年底，合资铁路营业里程己达8524公里，但仍占铁路总里程比重很小。
为了筹集更多的资金发展铁路，国务院批准设立铁路建设基金，在国家铁路货物运价中每吨公里增加2厘，作为铁路建设基金的来源。铁路建设基金由铁道部统一管理，全部用于铁路基建投资和偿还铁路建设贷款。至2004年底，铁道部累计征收建设基金4000多亿元，铁路建设基金成为铁道部基本建设投资的主要来源。此外，铁道部可以发行铁路建设债券，由铁路建设基金提供不可撤消连带责任担保。至2004年底，铁道部共发行铁路建设债券近300亿元，其中部分债券已到期兑付。
由于铁路改革缓慢带来的运输能力不足的问题日益突出，从2004年开始到2006年，铁道部制定了《中长期铁路网规划》、《铁道部关于鼓励支持非公有制经济参与铁路建设运营的实施意见》、《中国铁路“十一五”规划》等一系列改革政策，分别从吸引社会资金参与地方铁路建设、鼓励国内非公有资本参与铁路建设及设计“十一五”铁路投融资改革的战略目标这三方面推进中国铁路体制改革。
目前铁路建设资金来源主要有五部分：中央预算投入、铁路建设基金、来自地方政府和其他战略合资人的资金、铁路债券、既有铁路通过资本市场募集资金。
除此之外，国家开发银行提供了大量政策性贷款支持铁路行业固定资产投资，其他资金来源还有国家专项补助、水利基金返还以及部分周转贷款（或拨款）、外资等，但总体数量小。
下面有3张图可以直观看出中国铁路基本建设融资方式变化的情况。
由图1可看出，建设资金占主力，财政预算资金锐减，国内贷款逐渐上升，占据第二位，其他资金依然占比较少。
由图2可看出，建设资金依然占主力，国内贷款锐减，但又增加，仍然在第二位，其他资金占比依然较少。
由图3可看出，建设资金减少，退居到第三位。国内贷款猛增，达到第一位。债券递增，在2007年达到峰值，又开始逐渐下降，但仍居于第二位。
综合3图，可以看出我国铁路融资基本来源于建设基金、国内贷款、债券。其他资金来源一直较少，可以看出我国铁路融资渠道的单一。这三种融资渠道，占据前三位，排序的变化都与政策有关。比如铁路建设基金由于是一些依赖铁路运输行业的重负，一直被呼吁减少甚至取消，所以这种基金可能会一直减少，不是铁路建设资金可持续的来源。而贷款、债券的激增是伴随着铁路的跨越式发展。不过巨额的债务，盈利少，造成了铁路行业的信任危机。 这是中国铁路融资的现状，究其融资方式演变的根本原因都是由于资金短缺，不得不被动改革融资的方式，希望扩大融资的渠道，获得更多的铁路建设资金。但是其融资方式的转变过程与当时国家的经济制度息息相关，受政策影响深。
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