（二）收入、支出管理问题
第一，收入支出项目混乱。进行行政事业相关收费是国家赋予部分行政事业单位的职权，旨在筹集财政资金、平衡社会收入。但是，当前部分行政事业单位受利益驱使，以符合地方工作实际为要求进行规定外的收入项目及支出项目设置，这样在进行单位财务汇总时不能同上级部门良好接洽，出现账目混乱问题；第二，收支两条线管理问题。部分行政事业单位对于“收支两条线”缺乏正确的认识，使得部分非税收入被排除在财政监管之外；除此之外，由于部分行政事业单位对于预算内收入管理的部分工作缺乏清晰认识，不利于财政监管的开展。（三）交易款项管理混乱
行政事业单位的往来款项管理存在较大问题，管理混乱。首先，应收金额较大，时间较长，回收难度大。在应收款金额上，部分单位的数额可以达到几百笔上千万元，并且时间较长。长期不催收应收款项，使得企业破产、倒闭的风险加大，部分企业资不抵债，加大了应收款项的回收难度（行政事业单位大多都是财政资金，自己创收的较少）。其次，部分行政事业单位账目管理不完善，往来账记录不完整。行政事业单位中，有的少记或者漏记往来账款，有的没有设置明细账的核算，再加上长期不核对不清理，使得债权与债务账据、账表存在不符情况。
（四）财务管理制度有待完善
目前行政事业单位的财务管理内部控制体制缺乏通畅性，无论是会计的岗位设置还是人员的配置都缺乏合理性，使得业务交叉现象严重，职责不明。部分行政事业单位不重视内部控制制度，相关制度不健全或者内容缺乏合理性，也有部分单位只将制度规定作为摆设，使相关制度名存实亡。
三、加强行政事业单位财务管理的政策建议
（一）完善行政事业单位内部控制监督管理机制
行政事业单位领导层面首先要树立内部控制制度建设重要性的理念，提升单位对内审部门的重视程度，强化相关财务会计工作人员与工作岗位相匹配的人员安排观念，从源头上将内部潜在风险发生的可能性降至最低水准最好达到完全消除的标准。单位内部财务岗位的设置遵循不相容职责相分离的原则，明确每一位工作人员的职责，保证各种会计核算资料的真实、合法、完整，形成一种互相牵制的内部控制机制，保证预算执行的合规性，提高财政资金的使用效率。
（二）强化预算管理工作
行政事业单位财务部门要充分认识到预算编制工作的重要性，贯彻统一核算管理、合理分配收入制度。编制部门预算时应广泛听取意见，收集各部门的资料，汇总后交领导和群众讨论，反复协调与平衡，实行预算内外综合统筹，进一步细化收支。部门项目预算的执行要严格贯彻于实践中，不经允许不能做出随意性的变更。要坚持以收定支，确保年度收支平衡、略有结余，禁止出现赤字，如遇特殊情况确实需要进行预算调整或支出追增的必要依靠相关程序进行报批。（三）加强资产管理
行政事业单位加强资产管理，首要进行资产的清查，开展定期不定期的抽查盘点工作，以保证设备完好无损，确立以“钱物分离、互相牵制、分级负责、责任到人”的原则，合理分工，明确职责。有关固定资产实施双人管理相互制约的机制，大宗物品的管理开展规范化程序，相关物品的采购使用公开招标的方式以增加其透明度，建设政府采购预算编制制度和采购监督体系，逐步形成以财政部门为主，纪检监察、审计及其他有关部门共同配合的监督机制，最后，日常管理中开展规范化的仓储管理制度。
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