其二，不同部门的自身减排因素是管理者必须考虑的另一个重要方面。减排因素又可以进一步划分为部门竞争力、减排成本和减排潜力三个子因素。首先，任何产业部门的涵盖都会增加该产业内相关排放实体的运营成本，因此管理者应选择一些成本传递能力较强、面临市场竞争不激烈的部门优先纳入碳排放交易，这也是能源部门首先入选的主要原因。其次，每个部门的减排成本往往存在很大差异，因此需要管理者将减排成本较低的部门优先纳入碳排放交易。在涵盖部门扩大化背景下，更多减排成本不同的部门或实体可以被同时纳入，通过配额交易降低了潜在的总体减排成本。再次，管理者在设计涵盖部门制度时应当首先考虑那些减排潜力大的部门，因为这些部门更容易投资减排技术获得显著的减排效果，而同时由于这些产业部门自身排放量较大，纳入碳排放交易可以增加配额流通量，进而增强了碳市场的流动性。
其三，能够进行温室气体排放的监测是涵盖部门制度设计中重要技术性因素。只有保证对纳入实体排放量的真实监测，才能够保证上缴配额与真实排放完全相符，或确保交易出售的配额源自真实排放水平的降低和原有配额量的剩余。一些排放源更加适合进行排放水平的真实监测，或者可以通过可靠的替代数据（如产量或燃料投入量等）计算相应的排放量。但是，有些排放源由于排放活动变化无常，或是因为不能准确获得相关替代数据，导致了其排放量的准确监测不可行或是监测成本极高。因此，如果在碳排放交易中涵盖这样难以监测的排放源，将严重影响机制的总体运行效果。
其四，行政管理成本问题是从管理者自身实施角度进行考虑。在涵盖部门制度设计中，如果允许纳入小规模或分散排放源，其排放水平的数据收集、监测和配额交易将会导致极高的行政管理成本。例如，交通部门中个体车辆的温室气体排放监测虽然可行，但如果允许这些分散排放源纳入碳排放交易，将对机制的实施和管理造成极大的困难。一个替代方法是采用上游领域的产品和燃料供给取代下游的直接排放，针对这些小规模和分散排放源进行管理，或者将其减排量与特定抵消机制挂钩。如果对小规模或分散排放源在上下游领域内都没有可行的监测和计量方法，则可以考虑采用命令控制型措施进行规制。
（三） 涵盖部门规制点的选择
管理者在确定碳排放交易的涵盖部门后，则需要解决特定排放量所对应的涵盖部门内部或部门之间的规制点选择问题。根据涵盖部门规制点的不同，可以将处于产业链不同位置的排放单位纳入碳排放交易的过程，分别称为上游和下游模式。所谓上游模式是指涵盖部门的规制点靠近产生温室气体的物质首次进入经济领域的源头，将供应化石燃料或其他产生温室气体物质的间接排放源纳入到碳排放交易，以此替代纳入下游分散或小规模直接排放源的过程。所谓下游模式是指涵盖部门的规制点靠近温室气体的排放源头，将以火力发电或大型工业部门为代表的直接排放源纳入到碳排放交易的过程。[4]部门规制点选择的核心问题是在尽可能扩大温室气体排放覆盖范围的目标指引下，综合考虑排放的可监测性、减排激励效果、行政管理成本等影响因素。
上游模式可以在源头阶段控制产生温室气体排放的主要物质供应，较少的纳入实体或设施数量降低了碳排放交易的行政管理成本，但同时却会带来排放测量过程中替代计算的不精确，以及减排激励效果传导不明显的问题。[5]而采取下游模式需要将更多的直接排放源纳入管理，具有一定的规模经济效应，有利于进行精确的排放监测，激励纳入实体进行有效减排，但也同时增加了机制的行政管理成本。一种观点认为，管理者应当采取上游与下游交易的组合模式取长补短，[6]在避免排放源遗漏和重复计算的情况下，共同确定涵盖部门范围，分别将大型排放源纳入下游交易体系，而将小规模或分散排放源纳入到上游交易体系中。在涵盖部门制度的设计中，采用组合模式的重要意义在于最大限度地克服上游或下游单一模式的弊端，以实现最优减排激励效果为目标，以承担最小的行政管理成本作为限制条件，在有效监测或替代计算温室气体排放的前提下，最大限度地扩大覆盖排放范围，从而更好地发挥碳排放交易的制度优越性。
（四） 排放实体或设施的纳入门槛
对涵盖部门内的排放实体和设施设置纳入门槛是制度设计中另一个重要问题。门槛值采用的形式可以基于实体或设施的温室气体排放量或其他绩效指标，其设置形式往往根据不同类型的涵盖部门进行具体制定，如针对电力部门经常采用发电量作为纳入门槛，而工业部门由于产品类型各异而采用统一的温室气体排放量作为纳入门槛更加可行。纳入门槛设置的幅度将对管理者的行政管理成本和纳入实体或设施的参与成本产生直接影响。一方面，如果涵盖部门中一些排放实体和设施规模较小，产生的温室气体排放量较少，管理者则需要在环境保护效果和行政管理成本之间进行进一步权衡，通过在该部门内部设置特定的门槛值将低于要求的排放单位排除在碳排放交易之外。通过这种 “抓大放小”的筛选方式，可以保留数量较少但排放量显著的大型排放实体或设施，而将排放量较低但数量较多的其他中小单位留待其他减排措施进行规制。[7]另一方面，门槛值的引入也应当考虑特定部门中排放单位参与碳排放交易的财务负担问题。具有较多排放量的大型企业能够较好地稀释碳排放交易的参与成本，将比中小排放实体更加适合纳入到碳排放交易中，而排放量相对较少且对成本增加十分敏感的中小排放实体则应当通过设置门槛值被排除到涵盖范围之外。[8]涵盖部门制度还可能设置预备纳入门槛，该数值的设定低于纳入门槛值，高于预备纳入门槛的排放实体和设施必须履行强制排放报告义务，但暂不纳入配额管理。该数值的设定体现了管理者的意图，将来可能将这些履行强制报告的义务实体或设施纳入，需要先期搜集排放数据，并让这些排放单位进行适应性准备。
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