第一，政府的角色定位不准确。

改革开放30年来，我国高等教育体制改革取得了重要的进展。但从总体上看，改革没有完全到位，有不少夹生饭。突出表现在，长期以来政府集高校举办者、管理者多重角色于一身的情况没有根本改观，中央和省级及地市级政府教育主管部门对自身在高等教育管理中的角色及其作为缺乏科学的定位，到底该管什么、不该管什么，思路不清晰，把握不准确，习惯于以政代教、政校不分，政府的角色行为既越位、又缺位。

第二，政府的职能转换不彻底。

尽管前些年国家一再强调要转变政府职能，推行服务型教育行政，但收效不大。在管理理念上，仍然是管控和指令大于服务与引导。在管理内容上，仍然是微观管理大于宏观调控，习惯于把理应属于高校的权力拿在手上，使高校始终不能摆脱政府从属机构的地位。在管理手段上，计划手段大于法制手段，习惯于运用行政审批和计划直接管理高校事务。在管理方式上，直接管理多于间接引导，较少用经济、法律、政策、信息和评估等手段进行间接管理，尤其是忽视了社会的参与作用。

第三，政府的管理控制不适度。

政府对高等教育的管理和控制过度，其典型表现是，大政府、小大学。政府与大学之间仍然是一种行政模式化的纵向联系或直线等级式的隶属关系而非契约性的法制关系。政府不仅直接管理大学，而且是大学资源惟一或主要的供给者。大学的职责功能、活动范围、管理权限等，均由政府直接决定和规范，其所需要的资源也由政府统一调配。大学被纳入国家行政序列，同时被赋予相应的行政级别，大学的领导由政府任命，大学执行政府的指令、服从政府的管理。

第四，政府的教育法制不健全。

30年来，国家出台了一系列教育法规，但高校法人的性质与行政主体资格依然不明确。政府与高校的权利与义务关系亦缺乏具体的规范，以致高校缺乏作为独立法人实体所应具备的自我发展、自我管理、自我约束的能力。同时，维护与落实教育主体权利与义务的教育程序法仍是教育立法的盲点，已出台的教育法律缺乏实施细则等配套法规，缺乏健全的监督评估机制，而且也没有合适的救济渠道，高校办学管理自主权受到侵犯的问题一直无法解决。

第五，政府的教育投入不到位。

按照联合国教科文组织建议的标准，教育投入应占GDP的6%，世界平均水平为4.9%，欠发达国家平均水平为4.1%。 1993年，国家就提出，财政性教育经费要达到国民生产总值的4%。2006年，党的十六届六中全会再次强调4%的目标，但一直没有实现，2008年为3. 48 010。2005年，我国小学和初中生均公用经费不足300元和500元，而美国平均教育经费为8701美元，相当于6万元人民币。论GDP，美国是中国的5倍，人均CDP是中国的15倍，但花在孩子身上的教育经费高出我们100甚至200倍。 2008年，中国高等教育生均经费为1583美元，而美国2001年的高等教育生均经费支出为22000多美元。前几年，我国高等院校大跃进式的发展，主要靠向学生和家长收费，甚至多收费、乱收费，转嫁负担。2005年，新华社调查发现，中国大学的学费10年上涨20倍，而同期国民收入增长却不到4倍。

（二）高等学校内部管理制度的问题

高校内部管理体制的核心，是党委领导下的校长负责制。但在微观管理实践中，许多关系没有理顺，许多问题没有解决。

第一，高校的领导体制行政化。

2007年，中央召开的高校党建工作会议提出，高校实行“党委领导，校长负责，教授治学，民主管理”的现代大学制度。但在实践中，不少学校关系理不顺，运转不协调。大学的党政权责不清，校长作为校长负责制的责任人，对外代表学校，对内主持校政，是法律框架内的“一把手”。书记作为政治体制和组织体制之中的“一把手”，与行政“一把手”如何处好关系，《高等教育法》并未明定。党政相互制衡的组织设计，造成管理实践中法律与政治及组织框架之间的种种矛盾与摩擦，书记与校长常处于博弈、牵制状态。