2.独立学院运行机制中存在的问题
2.1相关法律制度不够完善
目前，我国没有直接针对独立学院制定法律，这与独立学院的快速发展存有一定落差。尽管相关政府部门颁布了《民办教育促进法》、《独立学院设置与管理办法》等法规，支持独立学院的各项发展，但是独立学院是一个特殊的教育机构，这些法规的说法较为笼统，不具备针对性。就《独立学院设置与管理办法》而言，它不是真正意义上的法律，法律约束力有限，可操作性不强，以至于当独立学院的权益受到侵害时，没有强有力的法律来对其进行保护。[2]
2.2管理模式欠佳
当前，在部分独立学院中，董事会与学校的关系不够明确，董事会的章程不够规范，形同虚设，不具备约束力，如一些独立学院的董事长越权介入独立学院的办学工作，再如由于独立学院对财务监管的疏忽，学校的学费常被投资方肆意挪用。
2.3师资队伍结构不均
过去独立学院大多采用引进母体高校师资的办法来提升自身的师资力量。而教育26条颁布后，独立学院的独立性增强了，即独立学院不能再大量引进母体高校的师资力量。而单靠引进一名名师，作用非常有限，而独立学院培养教师队伍的能力又有限。这就造成了独立学院普遍存在"两头多、中间少"的问题。即大学毕业生多、退休教师多，而中青年教师骨干却稀少，这样的师资结构不利于独立学院的可持续发展。造成这种现象的主要原因是：独立学院不能给予老师国家待遇和编制，无法吸引工作能力强的老师。
2.4专业设置不合理
多数独立学院都是依托母体高校来发展专业的，大部分专业都是通过借鉴和拷贝而来的。直接照搬母体高校的专业，看似能紧跟名牌学校的发展，实则加大了专业设置的同一性，不利于提高学生的就业优势。此外，他们并没有对人才市场的需求进行调查，导致学校片面追求热门专业，而丧失了发展品牌专业的机会，这与教育部强调的"以特色求发展"办学理念相违背。
3.优化独立学院运行机制的措施
3.1明确办学目的
独立学院在开设专业时，应该做充分的人才市场调查，并对同等院校的发展情况做横向和纵向比较，结合自身条件（资金、师资力量、培养人才的类型等），采取扬长避短的发展策略，明确自己发展的目标。即将自己的教育资源优势、师资力量优势用于发展特色和强势专业，以在激烈的竞争中赢得先机。
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