1.内部审计的网络应用水平较低
目前，我国企业在开展内部审计过程中，对会计信息化的应用还处在资源共享与信息传输时期。因为会计信息系统表现出开放性与网络化的特征，使得会计信息资源能够在更大的范围进行交流与共享，这导致会计系统和其他信息系统之间的关系越来越紧密，使得内部审计范围最终扩大至整个网络。可是因为会计信息系统要求极高的信息共享性与数据处理的高速性，需要企业各个部门能够第一时间把本部门的数据和信息输入至会计信息系统之中进行处理。但是，由于内部审计的网络应用水平较低，使得审计工作的“静态审计”与会计信息化要求的“动态审计”之间无法达到统一。
2.缺乏复合型内部审计人才
在会计信息化镜像中，审计人员因为自身业务水平无法适应信息化技术发展的要求，在工作中难以真正发现审计线索，无法对财务报表中实际存在的重大错报和漏报风险进行预警，在很大程度上放大了审计风险。之所以出现这样的情况，是因为一段时间以来，我们忽视了对既具备较高计算机应用水平又能在内部审计领域轻车熟路的人才培养，那些既精通计算机又能熟练应用网络，还可以从事审计业务的复合型人才十分短缺，而这就对内部审计的信息化建设造成了极大瓶颈。而产生这样状况的原因在于，一些资深的审计人员无法及时吸收网络时代的信息和技能，一些能够熟练掌握计算机知识的毕业生却无法独立从事内部审计工作，如此等等。
3.企业内部控制难度加大
在传统手工会计时代，不同岗位的会计人员会以其职责为范围开展工作，以职能分割和劳动分工的形式构建企业的内部控制体系。而在会计电算化镜像中，借助授权控制，再加上记账凭证签章明确。也就是说，此时的会计内部控制已经摆脱了会计核算部门的局限。同时，内部控制的内容、层次和深度也因此而得到不同程度的丰富和完善。更重要的是，流程控制与内部控制制度在执行过程中，会对传统职责分离形态的内部审计造成影响，使之在实践中只是习惯于依赖计算机程序和软件，难以发现审计线索，这对岗位责任制控制来说是极为不利的。
4.内部审计风险凸显
内部审计的目的在于评价与改善风险管理水平，对公司治理流程加以控制，使之更加有效，提升企业经济效益和社会效益。但是，一旦审计环境和企业内部控制环境出现改变，内部审计风险就会无形加大。在会计信息化镜像中，不但会计数据的来源越来越复杂，在对其进行自动处理过程中，还容易出现设置和控制过程的系统性缺位。此外，由于会计信息化的推进，企业内部审计需要面对的内部风险也会加大，对其进行测试的难度也不同以往。在这一过程中，无论是开展符合性测试抑或是进行实质性测试，均无法准确把握其中暗藏的风险。
三、会计信息化镜像中企业内部审计的解决对策